Πέθανε στις 22 Μαΐου 2005

Πέθανε στις 22 Μαΐου 2005 σε ηλικία 91 ετών, από ανακοπή καρδιάς. Η σορός του εκτέθηκε σε λαϊκό προσκύνημα, στον Περισσό, στην έδρα του ΚΚΕ.

Ο δρόμος όπου έζησε και που υπάρχει ακόμα το σπίτι του, μετονομάστηκε σε οδό Χαρίλαου Φλωράκη

Αποχαιρετιστήριο σημείωμα του Χαρίλαου Φλωράκη
Το 1991, Γ.Γ. της Κ.Ε. του ΚΚΕ γίνεται η Αλέκα Παπαρήγα. Ο Φλωράκης, τρία χρόνια μετά, τον Σεπτέμβριο του 1994, της ενεχείρισε τη «διαθήκη» του:[4]

«Δεν το ονοματίζω τούτο το χαρτί διαθήκη για το λόγο ότι δεν έχω τίποτα να διαθέσω.

Ό,τι βιος είχα το έχω δώσει στο Κόμμα, στο Κόμμα στο ΚΚΕ με τα γνωστά σύμβολά του, την Μαρξιστική – Λενινιστική ιδεολογία του, το πρόγραμμά του και τις αρχές του.

Πολιτικά δεν έχω επίσης τίποτα να αφήσω.

Ό,τι είχα το έδωσα με τη συγκεκριμένη δράση μου. Να αφήσω πολιτικές ορμήνιες δεν το θεωρώ σοβαρό.

Θέλω να επιστρέψω, και να ταφώ στον τόπο που γεννήθηκα στο Παλιοζογλώπι και συγκεκριμένα στον Αηλιά για νάχω αγνάντιο.

Ο τάφος να είναι απλός, μόνο να φραχτεί για να μην με ξεχώσουν τα αγρίμια.

Δεν θέλω λόγους και στεφάνια. Αυτά να εκφραστούν με βοήθεια στο Κόμμα.

Σεπτέμβρης 1994

Γεια σας

Χαρίλαος Φλωράκης»