Την 1η Ιουνίου, με την παράδοση 5.000 μαχητών στα Σφακιά, έπεσε η αυλαία της Μάχης της Κρήτης.
Η εφημερίδα “ The Times “ θα γραψει : Η Μάχη της Κρήτης υπήρξε το συναρπαστικότερο γεγονός του Β” Παγκοσμίου Πολέμου. και η αποθέωση του ανθρώπινου ηρωισμού
Οι απώλειες για τους Συμμάχους ήταν: 3.500 νεκροί, 1.900 τραυματίες και 17.500 αιχμάλωτοι. Οι Γερμανοί, σύμφωνα με δικά τους στοιχεία, είχαν 3.986 νεκρούς και αγνοούμενους, 2.594 τραυματίες, ενώ έχασαν 370 αεροπλάνα. Σύμφωνα, όμως, με συμμαχικούς υπολογισμούς, οι γερμανικές απώλειες ξεπέρασαν τις 16.000.
Από τις αρχές Ιουνίου 1941 δημιουργούνται πλήθος από αντιστασιακές οργανώσεις σε ολόκληρη την Κρήτη, όπως του Μανώλη Μπαντουβά στον Αγ. Σύλλα, του Πετρακογιώργη στις Καμάρες, η ομάδα του Αδάμη Κρασανάκη στη Δίκτη, η Οργάνωση Ανωγείων, η οργάνωση του Ραφτόπουλου στη Βιάννο, η Οργάνωση του Αντ Γρηγοράκη στον Κρουσώνα, η Οργάνωση του Γ Κατσιά στα Σφακιά, η οργάνωση του Μάντακα στα Λευκά όρη, του Γιώργη Κατσιρντάκη στα Χουστουλιανά, κ.α.
Η κατάληψη της Κρήτης ήταν αναμφίβολα ένα εντυπωσιακό στρατιωτικό επίτευγμα των Γερμανών, αλλά δεν είχε στρατηγικό αντίκρισμα αντίστοιχο των απωλειών τους, επιτρέποντας έτσι το συμπέρασμα ότι χάθηκαν τόσο πολλοί για να κερδηθούν τόσο λίγα. Κατά τον Τσόρτσιλ, ο Χέρμαν Γκέρινγκ, αρχηγός της Luftwaffe, «ήταν ηλίθιος», καθώς για μια «πύρρειο νίκη» θυσίασε «αναντικατάστατες δυνάμεις», με τις οποίες θα μπορούσε να είχε καταλάβει «την Κύπρο, το Ιράκ, τη Συρία, ίσως ακόμη και την Περσία». Ο ίδιος ο Στουντέντ δήλωσε μετά τον πόλεμο ότι η Κρήτη έγινε «ο τάφος» των Γερμανών αλεξιπτωτιστών.
Επιπλέον, η στρατηγική σημασία της Κρήτης, παρότι σημαντική, ήταν μάλλον υπερεκτιμημένη. Οι Γερμανοί σωστά θεώρησαν πως η κατοχή της θα απομάκρυνε τον κίνδυνο βρετανικών βομβαρδισμών των ρουμανικών πετρελαιοπηγών, θα παρεμπόδιζε το βρετανικό ναυτικό στην ανατολική Μεσόγειο και θα προστάτευε την «Επιχείρηση Μπαρμπαρόσα».
Η Luftwaffe όμως θα μπορούσε να ελέγξει αποτελεσματικά το Αιγαίο και από τις βάσεις της στην Ελλάδα, ενώ η κατάληψη της Μάλτας αντί της Κρήτης θα προσέφερε περισσότερα οφέλη. Από άποψη τακτικής, μια τόσο εκτεταμένη εναέρια απόβαση ήταν υπερβολικά φιλόδοξο εγχείρημα και οφειλόταν εν μέρει στη νευρωτική ανάγκη της Luftwaffe να εξιλεωθεί από την αποτυχία της Μάχης της Αγγλίας με μια συντριπτική νίκη.
Για τους Βρετανούς, εκτός από τις βαρύτατες ναυτικές απώλειες, οι στρατηγικές επιπτώσεις της ήττας ήταν σχετικά περιορισμένες, επιτρέποντας στον Τσόρτσιλ να δηλώσει τον Ιούνιο, αν και όχι χωρίς υπερβολή, ότι η κατάσταση στη Μεσόγειο είχε βελτιωθεί για τη Βρετανία σε σχέση με το προηγούμενο έτος. Ηταν επίσης σημαντικό ότι η «Ultra» είχε προστατευτεί.
Ο Τσόρτσιλ είχε αρχικά εξετάσει το ενδεχόμενο να στείλει στον Φρέιμπεργκ το πλήρες σχέδιο της επίθεσης, αλλά σύντομα άλλαξε γνώμη. Με δεδομένη τη σημασία της «Ultra», λίγοι θα διαφωνούσαν με την απόφασή του. Κανείς όμως δεν επρόκειτο να διαφωνήσει με την άποψη του Χίτλερ, ο οποίος τον Ιούλιο τόνισε στον Στουντέντ: «Γνωρίζετε βέβαια, στρατηγέ, ότι δεν θα επιχειρήσουμε ποτέ άλλη μία αερομεταφερόμενη επιχείρηση. Η Κρήτη απέδειξε ότι η εποχή των αλεξιπτωτιστών τελείωσε».
